至于第二使徒莉莉丝，如今的处境同样好不了多少。
灵魂被注入到了碇唯的复制体绫波丽的体内，肉身虽然还剩了半截，但生命果实却已经被转移走了。
就剩下了一半的躯壳，还被朗基努斯枪抑制着自我恢复能力。
如今，她的生命果实正处在初号机胸口的红色圆球里。
可问题是，也不知是有意的，还是因为没那份技术的缘故。
NERV当初在制造初号机的时候，尽管生命果实已经就位，肉身也因为直接来自于莉莉丝的缘故，先天就有着S2机关这种特殊结构的存在。
但初号机的S2机关，却一直处在关闭的状态，用尽了各种方法都无法开启。
不得已之下，碇真嗣的母亲，碇源堂的妻子，天才科学家，狠人碇唯，竟是自己一个人就策划与执行了一套大胆的计划。
即~在驾驶初号机的时候，让自己进入到初号机的脊柱与生命果实连接的最中心处，人为的融入到了初号机之中。
进而以自己的灵魂来达成对使徒的接管与连接，从而形成了一种变向的中间传输系统。
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